西暦2205年。歴史の改変を目論む「歴史修正主義者」によって過去への攻撃が始まった。時の政府は「審神者さにわ」なるものたちに歴史の守護を命じる。その審神者の物の心を励起する審神者の力によって生み出された「刀剣男士」たちは、さだめられた歴史を守る戦いへと身を投じるのだった。
慶長十九年、大坂。方広寺鐘銘事件を発端に、豊臣と徳川の衝突は避けられないものとなっていた。戦国時代最後の戦いとなる大坂の陣が目前に迫る時代に、本丸より出陣した六振り。徳川陣営の偵察を進める一期一振、鯰尾藤四郎、骨喰藤四郎。時間遡行軍による干渉は確認できなかったが、徳川本陣を偵察
した鯰尾が、家康の傍で怪しげな従者を見かけたと報告する。さらなる調査のため、再び徳川本陣の偵察へと向かう鯰尾と骨喰。一期は異変を知らせるため、隊長である山姥切国広たちのもとへと向かった。
その頃、山姥切、加州清光、宗三左文字は、潜入調査のために真田丸に入り込んでいた。大坂冬の陣の要となる出城であったが、未だ改変の兆しは表れていなかった。山姥切たちはその真田丸で、かつて小田原の地で戦った男と再会する。今は豊臣秀頼に仕えているという男の存在に、山姥切は不穏な気配を察するのだった。真田丸で合流した一期は成りゆきから、時間遡行軍に命を狙われる秀頼を護衛することとなる。果たして、大坂の地で何が起きているのか？そして謎の刀剣男士・太閤左文字との出会いが、一期たちにもたらすものとは。
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